科研动态

牛的瘟病毒包括A型瘟病毒（1型牛病毒性腹泻病毒，BVDV-1）、B型瘟病毒（2型牛病毒性腹泻病毒，BVDV-2）和H型瘟病毒（HoBi样瘟病毒，HoBiPeV）等几种。迄今为止，通过系统发育分析，BVDV-2的分离株已被分为三个亚型（a-c），并根据5’非翻译区（UTR）二级结构提出了一个额外的亚型（d）。在之前的一项研究中，我们在GenBank数据库中发现了一些BVDV-2序列，通过对其基因组、UTR或单个基因的系统发育分析，认为这些序列不能归类为a-c亚型。我们又对这些序列进行了详细的研究，并评估它们是否可能代表不同的BVDV-2亚型。最初，我们从GenBank收集了85个BVDV-2完整/接近完整的基因组（CNCG），并进行了基于CNCG和开放阅读框（ORF）的系统发育分析“等效性证明”，这表明ORFs可以可靠地作为BVDV-2系统发育的参考目标，使我们的数据集增加到139条序列。其中，我们发现了7个不能归类为BVDV-2a-c的序列。在CNCG和病毒基因的系统发育分析中也观察到了同样的结果。此外，七个非BVDV-2a-c序列在所有系统发育树中形成了一个独特的簇，我们建议将其命名为BVDV-2e。与BVDV-2a-c相比，BVDV-2e还显示了44个氨基酸的变化，其中20个位于明确的位置。重要的是，包括BVDV-2d在内的额外系统发育分析以及BVDV-2e和BVDV-2d序列的成对比较也支持了这些亚型之间的差异。最后，我们建议将BVDV-2e识别为一种独特的BVDV-2亚型，并鼓励将其纳入未来的系统发育分析中，以了解其分布和进化。